Logo após a fuga da Cidadela desmoronada, Gordon Freeman e sua companheira Alyx Vance descobrem que Combine usou a destruição para abrir um portal, a fim de trazer reforço poderoso. Nenhuma grande mudança foi aplicada à jogabilidade desde o episódio anterior, em vez disso, os jogadores serão convidados a experimentar a arma de gravidade e mais objetos de física para usar como munição improvisada. O Episódio Dois traz de volta todos os itens básicos da série, incluindo quebra-cabeças físicos, seções de direção, porque foi desenvolvido simultaneamente com o Episódio Um, mas ao contrário do primeiro Episódio dois tem mais quebra-cabeças, incluindo o maior quebra-cabeça da série até à data.
